主に313系3000番台が使われている。
1999年に登場した車両で美濃赤坂線で使われている3000番台は緑色を基調としたボックスシートが配置されている。かつては神領車両区に配置され、中央本線や関西本線で使用されていたが、後継の1300番台に置き換えられてからは119系の置き換え目的に213系とともに大垣車両区に転属した。
3000番台は飯田線と共用しているので東海道本線でも送り込みを兼ねて快速系統や普通等での運用が存在する。逆に飯田線用である213系は2扉で最高速度が110km/hなので東海道本線は回送のみである。
2012年3月にワンマン運転を開始してからは313系3000番台が使われてるが、非ワンマン運用では313系の他番台も運用に入る。但し、6両の5000番台はホームの全長が足りないため入線できない。